La actividad científica del Renacimiento español se desarrolla principalmente en las universidades y es precisamente la enorme proliferación de centros de enseñanza superior la manifestación más evidente del vigor de la España renacentista. En efecto, durante el último cuarto del siglo XVI hay, sólo en las universidades castellanas, nada menos que 20.000 alumnos, detalle interesantísimo que nos da una idea del ambiente cultural español sobre todo si comparamos esta cifra con los 25.000 universitarios y de segunda enseñanza que había en España a mediados del siglo XIX.
La distribución cualitativa y cuantitativa de los centros universitarios en la España de la época es muy desigual; destacan en Castilla las universidades de Salamanca, Valladolid y Alcalá. La Universidad salmantina se enriqueció en tiempos de Carlos V con el “Colegio Trilingüe”, como poco después lo hizo la de Alcalá. En él se enseñaba el latín, la lengua académica por excelencia, el griego, fundamental en la medicina, ya que la mayor parte de los tratados de Hipócrates y de Galeno estaban redactados en esa lengua y el hebreo, imprescindible en las importantísimas facultades de Teología para poder traducir los libros santos. Del Trilingüe de Alcalá hay que indicar que fue el lugar de irradiación del nuevo aristotelismo, esto es, del Aristóteles procedente de los estudios de las nuevas traducciones de las obras del filósofo, en las que participaron de manera minente intelectuales de la talla de Pedro Simón Abril (1530-1589) y del médico segoviano Andrés Laguna (ca. 1510-1559).
Una derivación universitaria la formaban los “Colegios Mayores” que eran “casas con becas y estipendios para estudiantes pobres y bien dispuestos, que en ellas encontraban sustento seguro y salvaguardia moral, a la vez que podían asistir a los cursos de las facultades, recibían instrucción y se ejercitaban en diversas disciplinas, bajo la dirección de un profesor designado exprofeso”. La decadencia general que se observa en el siglo XVII afecta también a estos centros.
Por otro lado, en 1564, los jesuitas abrieron sus Colegios a la enseñanza general y acabaron siendo modelo de otros centros con la categoría de la renombrada Academia de los Nocturnos de Valencia.
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