En su formación médica participaron muy buenos científicos: el neurohistólogo Santiago Ramón y Cajal (1854-1934), Manuel Alonso Sañudo (1856-1912), considerado uno de los mejores internistas de su época; Federico Olóriz Aguilera (1855-1912), importante anatomista y antropólogo; Juan Madinaveitia (1861-1938), un estupendo internista que creó escuela en la especialidad de la patología digestiva; y Alejandro San Martín Satrústegui (1847-1908), importante médico autor de significativos estudios de cirugía relacionados con el aparato circulatorio, neuralgias faciales, resección de maxilares superiores, etc.
Marañón, en poco tiempo, dio a conocer los frutos de su trabajo. Aún no había finalizado sus estudios en la Universidad de Madrid cuando, en 1907, publicaba casi 200 páginas de unas Lecciones de Patología Quirúrgica, del curso 1907-1908, tomadas en la cátedra del doctor San Martín.
La primera etapa de la actividad intelectual de Marañón es, eminentemente, médica. En 1910 publicó el libro Quimioterapia Moderna según Ehrlich. Tratamiento de la sífilis por el 606, y artículos en revistas científicas nacionales sobre la enfermedad de Addison, la sífilis y los quistes hidatídicos. Esta actividad fue el resultado de un viaje de formación que realizó a Alemania, después de superar las asignaturas del Doctorado en Medicina, para trabajar en el laboratorio de Paul Ehrlich (1854-1915), que en 1908 recibiría el premio Nobel de Fisiología y Medicina por sus trabajos inmunológicos. Su estancia en Fráncfort tenía la finalidad de mejorar sus técnicas de investigación bioquímica y seguir las enseñanzas de Edinger pero “caí en la gran ciudad de Main en los momentos en que Ehrlich terminaba sus estudios sobre el 606”. El 606 no era más que un derivado arsenical —diamino-dioxi-arsenobenceno, también conocido como salvarsán—, que se llamaba así porque hacía ese número entre los productos químicos de arsénico que había probado el científico alemán para tratar la sífilis.
En 1911 defiende su tesis doctoral sobre “La sangre en los estados tiroideos” y comienza su trabajo en el Hospital General de Madrid. Después, en 1916, publica el primer volumen, de casi un millar de páginas, de su famoso Manual de Medicina Interna, obra en la que él y Teófilo Hernando eran los codirectores de un importante elenco de profesionales de la medicina, entre los que se encontraban Augusto Pi i Sunyer, Gil y Casares, Verdes Montenegro, García del Real y otros. De esta época es uno de sus más importantes libros y uno de los más queridos por su autor: La edad crítica. Estudio biológico y clínico (1919); en él estudia el climaterio desde aspectos muy variados y novedosos para la época: endocrinos, médicos, psicológicos, etc. Esta obra ha sido considerada por Pedro Laín Entralgo (1908-2001), junto con ¿Neuronismo o reticularismo?, de Ramón y Cajal y La unidad funcional, de Pi i Sunyer, una de las tres fundamentales de la literatura médica española del siglo XX.
La edad crítica viene a ser el punto culminante de la labor endocrinológica del médico madrileño, situada en medio de su estudio sobre La doctrina de las secreciones internas y su discurso de recepción, de 1922, en la Academia de Medicina, Problemas actuales de la doctrina de las secreciones internas.
Sus estudios endocrinos los relaciona con los psicológicos y de esta fusión surge una gran cantidad de publicaciones en las que explica la relación entre la adrenalina y las emociones. Se trata de artículos en revistas internacionales y nacionales, ponencias en congresos fuera de nuestro país, conferencias en centros universitarios, etc. Estos trabajos de Marañón se incorporaron, en buena medida, a la Teoría de Cannon sobre la emoción; durante los años 20, este importante fisiólogo de la Universidad de Harvard y el médico español, mantuvieron correspondencia científica.
Después de la Guerra Civil publica su famoso Manual de Diagnóstico Etiológico que, aún siendo un éxito entre sus colegas, fue silenciado en las revistas científicas; por eso, en el prólogo a la segunda edición, Marañón se quejaba de que su obra había “nacido en el silencio y difundido en la penumbra”.
De antes de la Guerra Civil son los Tres ensayos sobre la vida sexual, un libro que causa escándalo y tiene, según propia confesión, “una gran influencia en el odio de parte de los españoles, de la sociedad española, hacia mí, por suponerlos anticatólicos, y no lo son”.
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