La medicina del siglo XVI era una actividad perfectamente organizada en una enseñanza con una reglamentación muy clara: para ejercer la profesión, después de conseguir el grado de Bachiller en Artes, se debía obtener el de Bachiller en Medicina y trabajar de ayudante de un médico durante dos años. Por entonces, el grado de Licenciado en Medicina facultaba para la docencia y casi ningún médico lo tenía. Más raro era el profesional que poseía el mayor de los grados académicos, el de Doctor en Medicina, ya que no poseía más que carácter honorífico.
En la España del siglo XVI había cuatro centros universitarios, tres de los cuales se ubicaban en la Corona de Castilla —Salamanca, Alcalá, Valladolid— y uno en la de Aragón: Valencia. La vallisoletana era del mismo tamaño que la de Alcalá y, aunque en ella predominaban los estudiantes de Leyes, tenía una pequeña Facultad de Medicina que llegó a ser el primer centro universitario castellano en el que se realizó la docencia de la anatomía sobre un cadáver; lo que sucedió en 1550. No obstante, hay que hacer notar que, desde el punto de vista médico, la Universidad española más destacada del siglo XVI es la de Valencia.
El Tribunal del Protomedicato debía autorizar y controlar el ejercicio de algunas profesiones relacionadas con la sanidad. Fue creado en el reinado de los Reyes Católicos, en 1477, mediante una Pragmática en la que se constituía un tribunal para “examinar los físicos [médicos], y cirujanos, y ensalmadores, y boticarios, y especieros, y herbolarios, y otras personas que en todo o en parte usaren de estos oficios… para que si os hallaren idóneos, y pertenecientes, les den cartas de examen, y aprobación, y licencia para que usen de los dichos oficios…”.
Durante el siglo XVI esta institución sólo existía en Castilla, en la de Aragón no se implantaría como tal hasta el siglo XVIII, pero realizaban la misma función las cofradías de médicos y otras autoridades nombradas por los responsables municipales.
